בירושלמי (שם) מובא כלל מתי נחשבים כשני מינים שונים שאינם מצטרפים:

"דרבי יונה אמר: היה לה מקום היכן ללוש והיא עושה אותן בשני מקומות - מקפדת היא".

כלומר כל סיבה שבגללה מעוניינים להפריד את העיסות וללוש אותם בשני כלים נפרדים - גורמת לעיסות שלא יצטרפו[1]. על פי זה כתב בתרומת הדשן (קפט) שעיסה שיש בה כרכום אינה מצטרפת עם עיסה אחרת, ואפילו אם לא אכפת לו שגם בשניה יהיה כרכום, אך אינו רוצה לערבן משום שכך טעם הכרכום לא יורגש היטב.

יש שכתבו שדין זה נכון דווקא לגבי צירוף של עיסות, אבל לאחר האפיה מצטרפים גם מאפים ממינים שונים. אך למעשה כתב הגרש"ז אויערבך (שמירת שבת כהלכתה מב, מג) שאין לחלק כך, ואף לאחר האפיה מצטרפים דווקא מאפים מאותו המין, להרחבה עיין בהערה[2].

[1] יש להסתפק מה הדין כאשר ישנן סיבות חיצוניות ללוש את העיסה בכלים שונים שאינן קשורות להרכב העיסה. למשל: כאשר מחלק את העיסות כדי ללוש במידה מסויימת הנוחה לו, כאשר עיסה אחת מיועדת לאפיה ואחת לבישול, או כאשר העיסות מיועדות למילוי שונה. ובספר מלא העומרפשט שעיסות דומות המיועדות למילוי שונה מצטרפות לחלה. יש להעיר שלדברי הצל"ח והבית אפרים עיסה המיועדת למילוי שונה ועיסה המתחלקת לבישול ולאפיה יהיו פטורות מדין 'עיסה העשויה לחלק'.

[2] בספר מלוא העומר (שכו, ב) כתב שדווקא קודם האפיה מקפיד על העיסות, אבל לאחר האפיה פחות מקפידים על עירוב המאפים וגם שני מיני מאפה יכולים להצטרף לשיעור חלה. אולם בפרי מגדים (או"ח משב"ז תנז, א) דן לגבי צירוף עיסות ממיני דגן שונים לאחר האפיה, והכריע שאינן מצטרפות. וביסוד דבריו מונח שבכל מקום שנאמר במשנה ובפוסקים "צירוף סל" היינו צירוף לאחר האפיה, ועפ"י זה מוכח מפירושי הר"ש ורע"ב (חלה ד, א) שכתבו ששני בצקים שמקפיד על תערובתם אינן מצטרפים "אפילו בצירוף סל" שאפילו לאחר האפים שני מינים אינם מצטרפים.