במיקרוגל המשמש לבשרי ולחלבי קיימות שתי בעיות:

• אדי המאכל עולים אל דופנות המיקרוגל, ונבלעים בהן טעמי בשר וחלב.[1]
• מאכלים שגולשים על גבי צלחת הזכוכית של המיקרוגל נבלעים בה,[2] ולעיתים אף נותרים עליה למשך זמן עד שינקו אותם.[3]

משום כך יש שהורו לייחד את המיקרוגל לשימוש חלבי או בשרי בלבד.[4] אך למעשה רבים התירו להשתמש במיקרוגל לבשרי וחלבי לסירוגין, אך כדי לפתור את שני החששות שהוזכרו נדרש להקפיד על כיסוי המאכל מלמעלה (כדי לחסום את האדים), וחציצה בינו ובין צלחת המיקרוגל מלמטה, להלן כמה אפשרויות מציאותיות:[5]

• כיסוי המאכל בכיסוי פלסטיק הייעודי למיקרוגל או בניילון נצמד חוסם את התפשטות האדים,[6] בנוסף יש להניח מתחת לכלי שבו מונח המאכל, דבר מה שיחצוץ בינו ובין הצלחת, ניתן להשתמש לשם כך בשקית, חתיכת קרטון, צלחת רחבה ייעודית וכדו' (כאשר משתמשים בכיסוי מיקרוגל, על החציצה שבתחתית להיות רחבה יותר מקוטר הכיסוי, כך שכולו יונח עליה).
• עטיפת המאכל בשקית מלמעלה ומלמטה מונעת גם את התפשטות האדים וגם מהווה חציצה בין המאכל לצלחת התחתונה. מומלץ לכסות בשני כיסויים, משום שלעיתים אחד מהם נקרע או נפתח.[7]

במוסדות ציבוריים שקשה מאוד לשמור בהם על ניקיון המכשיר, יש להשתדל לייחד מכשירים שונים לבשרי ולחלבי.

מי שצריך להשתמש במיקרוגל שכשרותו אינה ידועה (כגון בעבודה, בבית חולים וכדומה), יכול גם כן להשתמש בו כאשר מחמם בכלים סגורים, ועל ידי חציצה בין הצלחת התחתונה ובין הכלי שבו מחומם המאכל כנ"ל.